西曆2045年。以新超時空要塞7號艦為中心的第37次超長距離移民團--超時空要塞7--一邊和神秘的巴洛達軍多次交戰，一邊向銀河的中心航行！
　　而在西曆2046年。在戰爭的一角，本篇故事開始了……
　　由於巡邏中的一次意外而辭去軍職的女軍官瑪哈拉，退役當天因為意外事故死亡的部下之父對她懷恨在心，因而招來殺身之禍。
　　在千鈞一髮之際救了她的人是個腳穿空中冰刀的少年御堂柴--一個綽號"黑色轟炸機"，粗野的T-CRUSH選手。相傳柴是以往曾經亟欲獲得天才飛行員名號，現在身為超時空要塞7艦長的麥克斯的私生子……
　　對柴充滿興趣的瑪哈拉帶領新加入的成員，擔任柴所屬隊伍的教練。擔任經理、一心想成為歌手的艾妮卡對柴與瑪哈拉的關係感到困惑不已。瑪哈拉完全無視艾妮卡的感受，讓柴與莫巴德展開了一場競賽。雖然柴以自己拿手的技巧而揮灑自如，但卻在最後一圈被接受瑪哈拉指示的莫巴德打敗。之後，柴就從隊上消失了。艾妮卡擔心他，為了尋找他而來到了工廠艦。在貧民區被混混抓住。最被瑪哈拉搭救。
　　從瑪哈拉那裡得到訊息而到一間公寓找尋的艾妮卡，在那裡看到了和美少年一起生活的柴……震怒的艾妮卡加上前來報仇的混混，一場大戰就此展開……